Le attività di ricerca in Fisica Astroparticellare ai LNS hanno come principale campo di studio l'astronomia con neutrini di alta energia. Esse si svolgono presso due sedi distaccate: una, al porto di Catania, è utilizzata per il montaggio e la collocazione temporanea di sistemi relativi all'infrastruttura KM3, l'altra, a Portopalo di Capopassero, costituisce il punto di acquisizione dei dati provenienti dai rivelatori sottomarini collegati a terra tramite un cavo elettro-ottico.